Краткая схема такая:
для начала нужно разделить все расходы на 3 группы:
- расходы, которые относятся к деятельности, необлагаемой НДС, (в вашем случае это скорее всего будет себестоимость ПО) – по этим расходам “входной” НДС, конечно, если он есть, включается в стоимость товаров, работ, услуг;
- расходы, которые относятся к деятельности, облагаемой НДС – по этим расходам “входной” НДС принимается к вычету в полной сумме;
- общехозяйственные расходы – по этим расходам “входной” НДС принимается к вычету или учитываются в их стоимости в той пропорции, в которой они используются для реализации товаров (работ, услуг), операции по реализации которых подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения).
То есть “входной” НДС по общехозяйственным расходам нужно делить.

Для этого: определяем долю необлагаемой выручки в общей сумме выручки от реализации. Обозначим ее за А, сумму “входного” НДС по общехозяйственным расходам за В. Тогда НДС, который нужно включить в стоимость общехозяйственных расходов будет равен = А х В.
Остальную сумму можно принять к вычету в общем порядке.

Кроме того, надо помнить еще про объекты основных средств и нематериальных активов, которые участвуют как в облагаемой, так и в необлагаемой деятельности (чаще всего это техника административного назначения и проч.). НДС по приобретенным объектам общехозяйственного назначения также нужно делить.

Ну и не забывайте, что обязательно должна быть утверждена Методика раздельного учета и регистры, в которых проиходит весь расчет. Инспекторы при налоговой проверке требуют эти документы в обязательном порядке.